Una falsa exclusión es un resultado inexacto que establece que el presunto padre no es el padre biológico. Otros laboratorios pueden emitir falsas exclusiones debido a dos razones principales: contaminación de la muestra e insuficientes pruebas. Cuando las muestras de ADN son contaminadas, pueden resultar en marcadores de ADN que no coinciden entre el presunto padre y el niño. Además de ello, las muestras insuficientes pueden llevar a exclusiones falsas cuando existe una mutación (cambio genético aleatorio) en uno de los participantes en la prueba que causa marcadores no coincidentes.

Se requiere de pruebas extendidas en caso de mutaciones, lo cual ocurre en aproximadamente 2% de los casos que sometemos a pruebas.